R练习

m1<-seq(3)

rm(m1)

gc()

 

install.packages("biglm",dependencies=T)

 

 

linux下R可使用的最大内存是？

(9 篇回复) (5 个人参与)

• 发表于 2 年 之前，作者：cyy024
• 来自 houliping 的最后回复
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1. 1楼

   

   cyy024
   
   

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   服务器是16g的内存，
   
   R的内存是不是也可以用到16g
   
   要用什么函数增加内存吗？memory.list在linux下不适用。
   
   
   
   谢谢！

   2 年 前回复 # 回复
2. 2楼

   

   pengchy
   
   

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   你可以看看R-admin文档的8 Choosing between 32- and 64-bit builds（第22页）

   2 年 前回复 # 回复
3. 3楼

   

   pengchy
   
   

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   在linux下，可以通过下面这个方式来增加R使用的内存，如果不行就多试几次，每次的结果可能会不一样。
   
   在shell下启动R
   
   R --max-vsize=3G

   2 年 前回复 # 回复
4. 4楼

   

   cyy024
   
   

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   谢谢大家的帮助。
   
   我按照上面的帮助把内存调大了。尝试读入了一个6g的数据，但是，我想做回归分析缺失败了。
   
   报错原因是：Error: cannot allocate vector of size 2.8 Gb
   
   是不是回归分析只能支持2.8g的数据呢？

   2 年 前回复 # 回复
5. 5楼

   

   刘思喆
   
   

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   如果是 lm 的话，你可以试一试 biglm 包： bounded memory linear and generalized linear models

   2 年 前回复 # 回复
6. 6楼

   

   sociology
   
   

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   引用第3楼cyy024于2009-06-30 09:50发表的  :
   
   谢谢大家的帮助。
   
   我按照上面的帮助把内存调大了。尝试读入了一个6g的数据，但是，我想做回归分析缺失败了。
   
   报错原因是：Error: cannot allocate vector of size 2.8 Gb
   
   是不是回归分析只能支持2.8g的数据呢？ [url=http://cos.name/bbs/job.php?action=topost&tid=15635&pid=73614][/url]
   
   

   
   
   
   
   你一个回归模型中就需要所有6G的数据吗？如果不是，那就只导入需要的数据。
   
   如果还是不行，那就试一下biglm.

   2 年 前回复 # 回复
7. 7楼

   

   cyy024
   
   

   新手上路
   
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   继续发问题：
   
   biglm包怎么安装？
   
   参考了statistic with R上关于安装package的说明如下：
   
   R CMD INSTALL Rgraphviz 1.5.0.tar.gz
   
   echo /usr/lib/graphviz/ >> /etc/ld.so.conf
   
   ldconfig
   
   ln -s /usr/lib/graphviz/*.so* /usr/local/lib/ 
   
   
   
   我做了如下程序：
   
   (1)R CMD INSTALL biglm_0.7.gz
   
   结果：
   
   * Installing to library '/home/work/R-2.9.0/library'
   
   * Installing *binary* package 'biglm' ...
   
   * DONE (biglm)
   
   (2)echo /home/work/R-2.9.0/library/biglm >>/etc/ld.so.conf
   
   ldconfig
   
   (3)ln -s /home/work/R-2.9.0/library/biglm /*.so*   /usr/local/lib/
   
   可是biglm目录下没有*.so*文件
   
   
   
   以上步骤有哪里不对吗？谢谢大家指导!

   2 年 前回复 # 回复
8. 8楼

   

   刘思喆
   
   

   版主
   
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   发帖数: 1,387

    

   应该是 OS 上 R 的依赖库没有装全，这个比较麻烦

   2 年 前回复 # 回复
9. 9楼

   

   houliping
   
   

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   引用第6楼cyy024于2009-07-01 10:55发表的  :
   
   继续发问题：
   
   biglm包怎么安装？
   
   参考了statistic with R上关于安装package的说明如下：
   
   R CMD INSTALL Rgraphviz 1.5.0.tar.gz
   
   echo /usr/lib/graphviz/ >> /etc/ld.so.conf
   
   ....... [url=http://cos.name/bbs/job.php?action=topost&tid=15635&pid=73691][/url]
   
   

   
   
   
   
   没必要这么复杂。你用的是linux的哪个发行版？建议直接在R里面运行install.packages("biglm",dependencies=T)命令安装biglm扩展包。

   2 年 前回复 # 回复

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